In de schoot van Caritas Vlaanderen zijn ook verschillende Pastorale Commissies actief. Deze commissies werken rond pastorale zorg en pastorale thema's binnen een bepaalde sector. Zij formuleren ook pastorale adviezen naar de sectoren toe.

In totaal zijn er drie commissies actief:

  • Pastorale Commissie voor Algemene Ziekenhuizen en Geestelijke Gezondheidszorg (PAPZ);
  • Pastorale Commissie voor Ouderenzorg (POZ);
  • Pastorale Commissie Welzijnssectoren, die vooral focust op de sector ‘Ondersteuning van Personen met een Handicap’, maar ook aandacht heeft voor pastorale zorg binnen Bijzondere Jeugdbijstand, Gezinsondersteuning en Kinderopvang.